Orochimaru
Jest jednym z legendarnej trójki Sanninów, najbardziej z nich utalentowany. Pragnie poznać wszystkie rodzaje jutsu, lecz jest świadomy tego, że musiałby być nieśmiertelny, aby mógł to uczynić. Dlatego wszystkie jego dążenia skupiają się na tym, aby ją zdobyć. Opanował Jutsu Reinkarnacji, rodzaj kinjutsu pozwalający przenieść duszę do innego ciała. Teraz gdy ma już nieśmiertelność potrzebuje przyspieszyć proces opanowania wszystkich technik. Do tego celu chce wykorzystać sharingan, który umożliwia kopiowanie widzianych technik. Niestety klan Uchiha, w którym ta cecha była dziedziczna, został zniszczony przez Itachiego Uchihę Pierwotnie Orochimaru atakuje go, jednak okazuje się, iż Itachi jest zbyt potężny, aby przejąć jego ciało. Napaść ta jest powodem odłączenia się Orochimaru od Akatsuki do której dołączył szukając potęgi.
Kabuto Yakushi
Kabuto Yakushi - genin z ukrytej wioski Dżwięku. Jedna z najbardziej tajemniczych i nieprzewidywalnych postaci w Naruto. Jako dzieciak zaopiekował się nim główny medyk Konohy, wychował i nauczył technik medycznych. Kabuto mimo swoich ukrytych zdolności, akademię ninjutsu skończył dopiero za trzecim podejściem. W młodym wieku został przydzielony do oddziału sanitariuszy, ninja specjalizujących się w leczniczych technikach. Kontakt z Orochimaru Kabuto miał prawdopodobnie już po skończeniu akademii. Stał się prawą ręką Orochimaru, jednym z jego najbardziej zaufanych shinobi. Mianował Yakushi swoim szpiegiem, który zdobywałby informacje będąc w szeregach Konohy. Bardzo rozwinęły się jego umiejętności, zbliżając się do poziomu Kakashiego, a nawet jak sądzi Orochimaru stał się silniejszy od niego. Kabuto podczas egzaminu na chuunina, który zdawał siódmy raz poznał wielu geninów, jednak jego prawdziwym celem był Sasuke Uchiha. Dostał zadanie zdobycia o nim jak największej ilości informacji, po czym dostarczenia ich Orochimaru. Udało mu się ukryć prawdziwą twarz, oszukać grupę Naruto i wypełnić swoją misję. Jego spryt, inteligencja pozwala mu na wypełnienie najtrudniejszych misji. Po nieudanej akcji podczas drugiego etapu egzaminu Kabuto zajął się opieką nad Orochimaru, kiedy ten stracił część swoich ramion. Udał się na poszukiwania drugiego Sannina, który byłby w stanie uleczyć ręce Orochimaru. Udało mu się znaleźć Tsunade w mieście Tanzaku jednak nie przkonał jej, by wyleczyła ręce Orochimaru. Wtedy Kabuto dostał ciężkie zadanie do wykonania, musiał pokonać Tsunade. W walce Kabuto posługując się swoimi technikami medycznymi pokonał Tsunade. Jednak kiedy do walki włącza się Naruto i Jiraiya, Kabuto wraz ze swoim panem zostają pokonani, po czym we dwójkę uciekają. Po ucieczce z miasta Yakushi opiekuje się swoim mistrzem (jego życie staje się monotonne). Po przybyciu Sasuke do Orochimaru, Kabuto zajął się treningiem młodego Uchiha.
Haku
Haku jest jednym z pierwszych wrogów w Naruto. Używając swoich igieł pozoruje śmierć Zabuzy.
Jego matka posiadała kekkei genkai lecz fakt ten starannie ukrywała. Przekazała gen synowi, a chłopiec, bawiąc się, przypadkiem wyjawił sekret ojcu, który najpierw zamordował swoją żonę i chciał zabić również jego, lecz przerażony Haku zdołał się obronić i pokonał rodzica. Uciekł ze swojej rodzimej wioski wiedząc, że nikt nigdy go nie pokocha ze względu na pochodzenie.
Momochi znalazł sierotę, którą wychowywał i wyszkolił na świetnego shinobi. Wykorzystując tragedię, która rozegrała się w życiu chłopca zrobił z niego jedną ze swoich broni, a Haku poświęcił mu się całkowicie, czego dowiódł ochraniając go własnym ciałem przed śmiercionośnym atakiem Kakashiego
Zabuza